Monografije:

• Glasbena pot Sophie Linhart: Po sledeh družine Antona Tomaža Linharta. Ljubljana: Založba ZRC, 2024.  DOI: https://doi.org/10.3986/9789610508823
• Fürst Nikolaus II. Esterházy und die Musik: Drei quellenkundliche Studien (Mitteilungen aus der Sammlung Privatstiftung Esterházy, 3). Eisenstadt: Esterházy Privatstiftung, 2015.
• Jacob Handl-Gallus. Werk - Überlieferung - Rezeption. Mit thematischem Katalog (Wiener Forum für ältere Musikgeschichte, 5). Tutzing: Hans Schneider, 2012.
• Die Bach-Quellen in Wien und Alt-Österreich, Katalog in zwei Bänden, ur. Christine Blanken v sodelovanju z Markom Motnikom (Leipziger Beiträge zur Bachforschung, 10). Hildesheim: Georg Olms, 2011.

Kritične izdaje virov:

• Monumenta artis musicae Sloveniae, zv. 65: Iacobus Handl - Gallus: Šest osemglasnih motetov / Six Eight-Part Motets. Ljubljana: Založba ZRC, 2024. DOI: https://doi.org/10.3986/9790709004652
• Monumenta artis musicæ Sloveniæ, Suppl. 4: Jacobus Hándl-Gallus: Epicedion harmonicum / Undique flammatis, ur. Marc Desmet in Marko Motnik. Ljubljana: Založba ZRC, ZRC SAZU, 2015.
• Monumenta artis musicæ Sloveniæ, Suppl. 3: Georgius Prenner - Pyrenaeus Carniolus: Tri intabulacije za glasbila s tipkami / Three Motet-Intabulations. Ljubljana: Založba ZRC, ZRC SAZU, 2011.
• Monumenta artis musicæ Sloveniæ, zv. 55: Jacobus Hándl-Gallus: Priredbe skladb za glasbila s tipkami / Compositions in Keyboard Intabulations. Ljubljana: Založba ZRC, ZRC SAZU, 2009.

5 najpomembnejših člankov ali poglavij v zadnjih 5 letih (2020–2025):

• »Spregledani skladatelj Jožef Robert Zupan (1760–1819) in njegovo glasbeno delo«. Kronika: časopis za slovensko krajevno zgodovino 72, št. 2 (2024): 285–296. http://dx.doi.org/10.56420/kronika.72.2.05.
• »Med miti, legendami in dejstvi: dunajska dvorna kapela v času Jurija Slatkonje«. V: Jurij Slatkonja (1456-1522): od Kranjske do Dunaja, ur. Lilijana Žnidaršič Golec in Metoda Kokole, Metoda, 105–122. Ljubljana: Slovenska matica : Založba ZRC, ZRC SAZU, 2023. https://doi.org/10.3986/9789610507901
• »Z opernega odra na cerkveni kor: kontrafakture v glasbenem arhivu proštijske cerkve sv. Jurija na Ptuju«. De musica disserenda 19, št. 1 (2023): 59–87. https://doi.org/10.3986/dmd19.1.03
• »Music in the Dominican Convent of Marenberg: in Search of Sources«. Bogoslovni vestnik: glasilo Teološke fakultete v Ljubljani 83, št. 2 (2023): 449–464. https://www.teof.uni-lj.si/uploads/File/BV/BV2023/02/Motnik.pdf
• »Anselm Hüttenbrenner in Lower Styria (1853–1858).« De musica disserenda, 18, št. 1–2 (2022): 77–126. https://doi.org/10.3986/dmd18.1-2.02

5 najpomembnejših zgodnejših razprav:

• »Oratorien am Wiener Theater nächst der Burg in der Ära Durazzo: Repertoire, Interpreten und Interpretinnen, Verbreitungswege, Bearbeitungspraxis«. Studien zur Musikwissenschaft 60 (2018): 45–125.
• »›nous sommes donc l’un à l’autre‹: Luigi Cherubinis Kirchenkompositionen für Nikolaus II. Esterházy und die gescheiterten Verhandlungen um die Nachfolge Haydns«. V: Luigi Cherubini: vielzitiert, bewundert, unbekannt; Kongressbericht Weimar 2010, ur. Helen Geyer in Michael Pauser (Cherubini studies 1), 63–85. Sinzig: Studiopunkt, 2016.
• »Zwischen Aufklärung und Vormärz: Kirchenmusik am Esterházyschen Fürstenhof in Eisenstadt«. V: Über den Klang aufgeklärter Frömmigkeit: Retrospektive und Progression in der geistlichen Musik; XXXVII. wissenschaftliche Arbeitstagung Michaelstein, 7. bis 9. Mai 2009, ur. Boje E. Hans Schmuhl (Michaelsteiner Konferenzbereichte 78), 169–190. Augsburg: Wißner, 2014.
• Georg Link und seine Tanzschule von 1796. De musica disserenda 10/2 (2014): 33–55 (v soavtorstvu s Pio Brocza). https://ojs.zrc-sazu.si/dmd/article/view/1983
• Georg Prenner. Skladateljski prispevek polifoniji 16. stoletja. V: Zgodovina glasbe na Slovenskem I. Glasba na Slovenskem do konca 16. stoletja, ur. Jurij Snoj, 377–390. Ljubljana: Založba ZRC, 2013. https://mi.zrc-sazu.si/sl/publikacije/zgodovina-glasbe-na-slovenskem-i#v

Marko Motnik je na Univerzi za glasbo in upodabljajočo umetnost na Dunaju (MDW) zaključil umetniška magisterska študija koncertne smeri orgle in inštrumentalne pedagogike s predmetom čembalo. Leta 2010 je po programu meduniverzitetnega doktorskega študija na MDW in Univerzi Dunaj promoviral s tezo o delu in recepciji del Jakoba Handla-Gallusa. Na Inštitutu za muzikologijo Univerze na Dunaju je opravljal delo univerzitetnega asistenta (2010–2014), kot znanstveni sodelavec delal pri raziskovalnem projektu o procesih glasbenega transferja na terezijanskem Dunaju (Transferprozesse in der Musikkultur Wiens, 1755–1780: Musikalienmarkt, Bearbeitungspraxis, neues Publikum) (2014–2016) na MDW ter nato opravljal bibliografsko delo v Arhivu dunajskega Glasbenega združenja (2016–2020).V znanstvenih projektih je sodeloval s fondacijo Esterházy Privatstiftung v Eisenstadtu, Avstrijsko akademijo znanosti na Dunaju ter s Saško akademijo znanosti (Bach-Archiv) v Leipzigu. V oktobru leta 2020 se je po 25. letih življenja in dela na Dunaju vrnil v Slovenijo in postal znanstveni sodelavec Muzikološkega inštituta ZRC SAZU.