Monografije:

• Fürst Nikolaus II. Esterházy und die Musik: Drei quellenkundliche Studien (Mitteilungen aus der Sammlung Privatstiftung Esterházy, 3). Eisenstadt: Esterházy Privatstiftung, 2015.
• Jacob Handl-Gallus. Werk - Überlieferung - Rezeption. Mit thematischem Katalog (Wiener Forum für ältere Musikgeschichte, 5). Tutzing: Hans Schneider, 2012.
• Die Bach-Quellen in Wien und Alt-Österreich, Katalog in zwei Bänden, ur. Christine Blanken v sodelovanju z Markom Motnikom (Leipziger Beiträge zur Bachforschung, 10). Hildesheim: Georg Olms, 2011.

Kritične izdaje virov:

• Monumenta artis musicæ Sloveniæ, Suppl. 4: Jacobus Hándl-Gallus: Epicedion harmonicum / Undique flammatis, ur. Marc Desmet in Marko Motnik. Ljubljana: Založba ZRC, ZRC SAZU, 2015.
• Monumenta artis musicæ Sloveniæ, Suppl. 3: Georgius Prenner - Pyrenaeus Carniolus: Tri intabulacije za glasbila s tipkami / Three Motet-Intabulations. Ljubljana: Založba ZRC, ZRC SAZU, 2011.
• Monumenta artis musicæ Sloveniæ, zv. 55: Jacobus Hándl-Gallus: Priredbe skladb za glasbila s tipkami / Compositions in Keyboard Intabulations. Ljubljana: Založba ZRC, ZRC SAZU, 2009.

5 najpomembnejših člankov ali poglavij v zadnjih 5 letih (2019–2024):

• »Spregledani skladatelj Jožef Robert Zupan (1760–1819) in njegovo glasbeno delo«. Kronika: časopis za slovensko krajevno zgodovino 72, št. 2 (2024): 285–296. http://dx.doi.org/10.56420/kronika.72.2.05. 
• »Med miti, legendami in dejstvi: dunajska dvorna kapela v času Jurija Slatkonje«. V: Jurij Slatkonja (1456-1522): od Kranjske do Dunaja, ur. Lilijana Žnidaršič Golec in Metoda Kokole, Metoda, 105–122. Ljubljana: Slovenska matica : Založba ZRC, ZRC SAZU, 2023. https://doi.org/10.3986/9789610507901
• »Z opernega odra na cerkveni kor: kontrafakture v glasbenem arhivu proštijske cerkve sv. Jurija na Ptuju«. De musica disserenda 19, št. 1 (2023): 59–87. https://doi.org/10.3986/dmd19.1.03
• »Music in the Dominican Convent of Marenberg: in Search of Sources«. Bogoslovni vestnik: glasilo Teološke fakultete v Ljubljani 83, št. 2 (2023): 449–464. https://www.teof.uni-lj.si/uploads/File/BV/BV2023/02/Motnik.pdf
• »Anselm Hüttenbrenner in Lower Styria (1853–1858).« De musica disserenda, 18, št. 1–2 (2022): 77–126. https://doi.org/10.3986/dmd18.1-2.02
• Das Oratorium ‘Il ritorno di Tobia’ von Joseph Haydn – ‘ein veraltetes Machwerk’? V: Original – Interpretation – Rezeption. Referate dreier Haydntagungen, ur. Walter Reicher (Eisenstädter Haydn-Berichte, 12), 175–196. Wien: Hollitzer Verlag, 2020. http://www.hollitzer.at/wissenschaft/programm/produktdetail/programm/eisenstaedter-haydn-berichte/produkt/original-interpretation-rezeption-referate-dreier-haydntagungen.html

5 najpomembnejših zgodnejših razprav:

• Georg Link und seine Tanzschule von 1796. De musica disserenda 10/2 (2014): 33–55 (v soavtorstvu s Pio Brocza). https://ojs.zrc-sazu.si/dmd/article/view/1983
• Ludwig Senfl auf Tasteninstrumenten. Bestand – Befund – Bedeutung. V: Senfl-Studien 2, ur. Stefan Gasch in Sonja Tröster (Wiener Forum für ältere Musikgeschichte 7), 421–446. Tutzing: Hans Schneider, 2013. https://www.jstor.org/stable/j.ctvg8p2j0
• Das kompositorische Schaffen des Propstes Georg II. Prenner und die Pflege der Figuralmusik im Stift Herzogenburg des ausgehenden 16. Jahrhunderts. V: 900 Jahre Stift Herzogenburg. Aufbrüche, Umbrüche, Kontinuität. Tagungsband zum wissenschaftlichen Symposium vom 22.–24. September 2011, ur. Günter Katzler in Victoria Zimmerl-Panagl, 213–235. Innsbruck, Wien, Bozen: Studienverlag, 2013. https://www.studienverlag.at/buecher/5328/900-jahre-stift-herzogenburg/
• Das Tabulaturbuch Mus. ms. 40115 der Biblioteka Jagiellońska in Kraków – ein didaktisches Lehrwerk? Musicologica Istropolitana 10–11 (2013): 445–467. https://fphil.uniba.sk/fileadmin/fif/katedry_pracoviska/kmuz/Musicologica_Istropolitana/Musicologica_X-XI_final.pdf
• Georg Prenner. Skladateljski prispevek polifoniji 16. stoletja. V: Zgodovina glasbe na Slovenskem I. Glasba na Slovenskem do konca 16. stoletja, ur. Jurij Snoj, 377–390. Ljubljana: Založba ZRC, 2013. https://mi.zrc-sazu.si/sl/publikacije/zgodovina-glasbe-na-slovenskem-i#v

Marko Motnik je na Univerzi za glasbo in upodabljajočo umetnost na Dunaju (MDW) zaključil umetniška magisterska študija koncertne smeri orgle in inštrumentalne pedagogike s predmetom čembalo. Leta 2010 je po programu meduniverzitetnega doktorskega študija na MDW in Univerzi Dunaj promoviral s tezo o delu in recepciji del Jakoba Handla-Gallusa. Na Inštitutu za muzikologijo Univerze na Dunaju je opravljal delo univerzitetnega asistenta (2010–2014), kot znanstveni sodelavec delal pri raziskovalnem projektu o procesih glasbenega transferja na terezijanskem Dunaju (Transferprozesse in der Musikkultur Wiens, 1755–1780: Musikalienmarkt, Bearbeitungspraxis, neues Publikum) (2014–2016) na MDW ter nato opravljal bibliografsko delo v Arhivu dunajskega Glasbenega združenja (2016–2020).V znanstvenih projektih je sodeloval s fondacijo Esterházy Privatstiftung v Eisenstadtu, Avstrijsko akademijo znanosti na Dunaju ter s Saško akademijo znanosti (Bach-Archiv) v Leipzigu. V oktobru leta 2020 se je po 25. letih življenja in dela na Dunaju vrnil v Slovenijo in se vključil v projekt Stare tradicije v novih oblačilih: Glasbene in besedilne predelave v izvajalski praksi liturgične glasbe (ARRS J6-1809) pod vodstvom Katarine Šter.