Projekt Glasbeni viri 16. do 18. stoletja s posebnim ozirom na slovenske primorske arhive Trajanje projekta: 1. julij 2001–30. junij 2004 Šifra: L6-3122
Program Naravna in kulturna dediščina Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2014 Vodja programa: dr. Jerneja Fridl Šifra: IO-0031
Projekt Glasbene migracije v zgodnjem novem veku: na sotočju evropskega vzhoda, zahoda in juga Trajanje projekta: 1. september 2013–31. avgust 2016 Vodja projekta: dr. Vjera Katalinić
Projekt Naravna in kulturna dediščina Trajanje projekta: 1. januar 2015–31. december 2021 Vodja projekta: dr. Jerneja Fridl Šifra: I0-0031
Program Raziskave glasbene preteklosti na Slovenskem Trajanje programa: 1. januar 2022–31. december 2027 Šifra: P6-0004
Projekt Glasbenoestetsko ozadje ljubljanskega koncertnega življenja v 19. stoletju: od 1794 do 1872 Trajanje projekta: 1. maj 2009–30. april 2012 Vodja projekta: dr. Leon Stefanija Šifra: J6-3610
Projekt Slovenska glasbena dela po 1918 Trajanje projekta: 1. julij 2011–30. junij 2014 Vodja projekta: dr. Leon Stefanija Šifra: J6-4088
Projekt Glasba cerkvenih redov na Slovenskem od 16. stoletja do njihove ukinitve Trajanje projekta: 1. januar 2003–31. december 2005 Šifra: J6-5075
Program Raziskave slovenske glasbene preteklosti Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2014 Vodja programa: dr. Jurij Snoj Šifra: P6-0004
Projekt Cerkveni glasbeni fondi slovenskih obalnih mest Trajanje projekta: 1. julij 2007–30. junij 2010 Šifra: J6-9544