Mednarodno sodelovanje
Répertoire international des sources musicales (RISM)
Muzikološki inštitut sodeluje v mednarodnem muzikološkem projektu Répertoire international des sources musicales (popis glasbenih virov).
Répertoire international de littérature musicale (RILM)
Muzikološki inštitutu sodeluje tudi v mednarodnem muzikološkem projeku Répertoire international de littérature musicale (popis muzikološke literature). Popis tekoče muzikološke literature za Slovenijo poteka v sodelovanju z RILM v New Yorku od leta 1984; leta 1991 je bila ustanovljena področna delovna skupina za Slovenijo, ki ima svoj sedež na Muzikološkem inštitutu. Zadnji tiskani bibliografski popis je izšel leta 2001 (za leto 1997) v RILM Abstracts of Music Literature, sicer pa je na voljo tudi stalno dopolnjevana bibliografija v elektronski obliki (v Sloveniji je dostop kupila Narodna in univerzitetna knjižnica v Ljubljani).
SPORAZUMI O MEDSEBOJNEM SODELOVANJU S SORODNIMI USTANOVAMI V DRUGIH EVROPSKIH DRŽAVAH
Pedagoška univerza Državne univerze v Tveru, Rusija
Poleti 2003 sta rektor Univerze v Tveru (Rusija) in direktor ZRC SAZU podpisala sporazum o sodelovanju v pedagoških, raziskovalnih in koncertnoizobraževalnih dejavnostih za obdobje 2004–2009 med Pedagoško univerzo v Tveru in Muzikološkim inštitutom ZRC SAZU. Sodelovanje poteka na raziskovalnem in pedagoškem področju in se izvaja v obliki medsebojnega obveščanja o tekočih dosežkih in medsebojni izmenjavi akademskih del, monografij, učnih gradiv ipd.
Etnološki inštitut (Muzikološki oddelek) Češke akademije znanosti v Pragi, Češka
23. novembra 2006 je Muzikološki inštitut z Etnološkim inštitutom Češke akademije znanosti sklenil dogovor o medsebojni izmenjavi znanstvene muzikološke periodike (De musica disserenda in Hudební Veda). V maju 2007 je bil podpisan tudi splošni sporazum o znanstvenem sodelovanju in izmenjavah v letih 2007-2009.
Inštitut za umetnost Poljske akademije znanosti v Varšavi, Poljska
Oktobra 2007 je Muzikološki inštitut z Inštitutom za umetnost Polske akademije znanosti v Varšavi sklenil dogovor o vsestanskem sodelovanju in izmenjavi muzikološke literature v letih 2007 do 2012.