Program Raziskave slovenske glasbene preteklosti Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2014 Vodja programa: dr. Jurij Snoj Šifra: P6-0004
Projekt Naravna in kulturna dediščina Trajanje projekta: 1. januar 2015–31. december 2021 Vodja projekta: dr. Jerneja Fridl Šifra: I0-0031
Program Naravna in kulturna dediščina Trajanje programa: 1. januar 2009–31. december 2014 Vodja programa: mag. Jerneja Fridl Šifra: IO-0031
Projekt Slogovna in kompozicijskotehnična raznolikost slovenske glasbe od leta 1918 do sodobnosti v luči družbenih sprememb Trajanje projekta: 1. januar 2016–31. december 2018 Vodja projekta: dr. Gregor Pompe
Projekt Didaktični priročniki in glasbena vzgoja v 18. stoletju Trajanje projekta: 1. maj 2009–30. april 2012 Šifra: J6-2199
Projekt Glasbenoestetsko ozadje ljubljanskega koncertnega življenja v 19. stoletju: od 1794 do 1872 Trajanje projekta: 1. maj 2009–30. april 2012 Vodja projekta: dr. Leon Stefanija Šifra: J6-3610
Projekt Cerkveni glasbeni fondi slovenskih obalnih mest Trajanje projekta: 1. julij 2007–30. junij 2010 Šifra: J6-9544
Projekt Glasba cerkvenih redov na Slovenskem od 16. stoletja do njihove ukinitve Trajanje projekta: 1. januar 2003–31. december 2005 Šifra: J6-5075
Projekt Glasbeni viri 16. do 18. stoletja s posebnim ozirom na slovenske primorske arhive Trajanje projekta: 1. julij 2001–30. junij 2004 Šifra: L6-3122
Projekt Mobilnost glasbenikov in glasbeno-idejnih tokov na Slovenskem od 16. do 19. stoletja Trajanje projekta: 1. januar 2000–30. junij 2002 Šifra: J6-2276